熱帯環境植物館
としまえんのもり昆虫館
サンシャイン水族館
小石川植物園
新宿御苑
浜離宮恩賜庭園
附属自然教育園
奥多摩ビジターセンター
羽村市動物公園
多摩川ふれあい水族館
東京薬科大学薬用植物園
多摩森林科学園
高尾ビジターセンター
足立区荒川ビジターセンター
ファーブル昆虫館
上野動物園
すみだ水族館
江戸川自然動物園
夢の島熱帯植物館
葛西臨海水族館
アクアパーク品川
しながわ水族館
東京都薬用植物園
井の頭自然文化圏
諏訪クワガタ昆虫館
神代植物公園
武蔵国分寺万葉植物園
多摩動物公園
町田リス園
大島公園動物園
大島町貝の博物館
大島公園植物園・椿園
八丈ビジターセンター
小笠原ビジターセンター
小笠原ホエールウォッチング
Sea-Tac
リトルジョージ
小笠原観光
動物園・動物テーマパーク
| 江戸川自然動物園 | 江戸川区 | |
| 上野動物園 | 台東区 | |
| 羽村市動物公園 | 羽村市 | |
| 多摩動物公園 | 多摩市 | |
| 町田リス園 | 町田市 | 200匹のタイワンリスが広場に放し飼いにされていて、餌やりをすることが出来ます。 |
| 井の頭自然文化圏 | 武蔵野市 | 動物園と魚や両生類、水生昆虫、水生植物などの淡水の生き物を展示している水生物園があります。 |
| 大島公園動物園 | 大島町 |
水族館
| 葛西臨海水族館 | 江戸川区 | |
| しながわ水族館 | 品川区 | |
| サンシャイン水族館 | 豊島区 | サンシャインシティ内。 |
| すみだ水族館 | 墨田区 | |
| 多摩川ふれあい水族館 | 昭島市 | 多摩川に生息する魚の展示をしています。 |
| アクアパーク品川 | 港区 | |
| 大島町貝の博物館 | 大島町 | 世界の貝が展示されています。 |
昆虫館
| ファーブル昆虫館・虫の詩人の館 | 文京区 | 日本アンリ・ファーブル会が運営する昆虫館。 |
| としまえんのもり昆虫館 | 練馬区 | |
| 諏訪クワガタ昆虫館 | 三鷹市 | クワガタムシとカブトムシの標本を展示している個人の昆虫館です。 |
植物園・フラワーパーク
| 夢の島熱帯植物館 | 江東区 | |
| 附属自然教育園 | 港区 | 国立科学博物館附属の施設。 |
| 新宿御苑 | 新宿区 | |
| 浜離宮恩賜庭園 | 中央区 | |
| 熱帯環境植物館 | 板橋区 | |
| 小石川植物園 | 文京区 | 東京大学大学院理学系研究科附属植物園。 |
| 武蔵国分寺万葉植物園 | 国分寺市 | 万葉集の歌に詠まれている植物を植栽しています。 |
| 東京都薬用植物園 | 小平市 | |
| 大島公園植物園・椿園 | 大島町 | |
| 神代植物公園 | 調布市 | |
| 東京薬科大学薬用植物園 | 八王子市 |
自然観察
| 足立区荒川ビジターセンター | 足立区 | |
| 奥多摩ビジターセンター | 奥多摩町 | |
| 高尾ビジターセンター | 八王子市 | |
| 多摩森林科学園 | 八王子市 | 動物、野鳥、昆虫、樹木の自然観察が出来ます。 |
| 八丈ビジターセンター | 八丈町 | |
| 小笠原ビジターセンター | 小笠原村 | 小笠原固有種の動植物の資料展示。 |
| 小笠原ホエールウォッチング | 小笠原村 | 小笠原近海ではクジラ、イルカを観察できます。 |
| Sea-Tac | 小笠原村 | 小笠原でイルカ、クジラウォッチングが出来ます。 |
| リトルジョージ | 小笠原村 | 小笠原でイルカ、クジラウォッチングが出来ます。 |
| 小笠原観光 | 小笠原村 | 小笠原でイルカ、クジラウォッチングが出来ます。 |